Dalam menjalankan tugas dan fungsi dalam bidang penerbitan, bagian ini dipimpin oleh seorang penanggung jawab dan unit kerja sebagai berikut:
a. Penanggung jawab Penerbitan
b. Unit Redaksional
c. Unit Pra-Cetak
d. Unit Gudang
e. Unit Digital Book

Kelima bagian ini merupakan unit utama yang ada di bagian penerbitan. Unit ini dapat bertambah sesui dengan kebutuhan. Tetapi, untuk saat ini dua unit ini sudah memadahi. Berikut deskripsi tugas dan fungsi masing-masing unit:
1. Penanggung jawab Penerbitan
a. Bertanggung jawab terhadap kemajuan lembaga penerbitan;
b. Bertanggung jawab dalam perencanaan, pengorganisasian, pelaksanaan, dan evaluasi program-program penerbitan;
c. Bertanggung jawab dalam membuat program-program penerbitan;
d. Bertanggung jawab dalam membuat perencanaan kegiatan dan keuangan;
e. Melakukan koordinasi dengan unit-unit terkait dalam pengembangan penerbitan;
f. Melakukan evaluasi terhadap unit-unit penerbitan;
g. Membuat laporan akademik dan keuangan penerbitan secara berkala;
h. Mengusulkan pengangkatan dan pemberhentian personalia penerbitan;
i. Mendokumentasikan semua kegiatan penerbitan baik yang bersifat administrasi maupun keuangan;
j. Membuat daftar IKN dalam penerbitan dan melaporkannya kepada pimpinan;

2. Unit Redaksional:
a. Mengurus ISBN buku yang diterbitkan.
b. Membuat perencanaan produk buku per periode.
c. Menyusun rancangan produk buku.
d. Melakukan observasi pasar berkaitan dengan naskah yang akan diterbitkan.
e. Menentukan segmentasi atau targeting pasar.
f. Mengedit naskah yang telah diseleksi dan dinyatakan layak untuk diterbitkan.
g. Bersama tim pracetak menentukan spesifikasi produk (format).
h. Menyusun Katalog buku terbitan tahunan.
i. Memantau proses produksi penerbitan meliputi pekerjaan: setting, desain, layout.
j. Melakukan editing naskah yang akan diterbitkan.
k. Melaporkan produk-produk buku yang diterbitkan.

3. Unit Pra Cetak
a. Melakukan layout atau setting naskah.
b. Menentukan pilihan huruf (tipografi) dan warna (colour sparation).
c. Membuat desain cover.
d. Mengatur halaman-halaman sesuai metode cetak (imposisi/katern).
e. Memberi gambaran struktur keuangan untuk menjadi pertimbangan sebelum keputusan harga jual dan oplah cetak ditetapkan.
f. Menghitung perkiraan biaya produksi.
g. Melengkapi produk dengan ISBN dan barcode.
h. Memantau jadwal cetak.
i. Melakukan cross-check antara order cetak dan buku yang masuk gudang.
j. Melakukan administrasi dan pelaporan buku-buku yang diproses dipercetakan.

3. Bagian Pergudangan
a. Bertanggung jawab dalam bidang pergudangan yang meliputi perencanaa, pelaksanaan, monitoring, dan evaluasi.
b. Melakukan pengelolaan buku di gudang (penataan dan dokumentasi).
c. Memasukkan data buku yang diterima dari percetakan.
d. Menyusun daftar harga.
e. Membantu mendistribusikan buku kepada manajemen.
f. Mengelola dan mengadministrasikan buku return dari pelanggan.
g. Melakukan pekerjaan administrasi pergudangan (menerima surat pesanan, input dan cetak faktur, membuat laporan pergudangan).
h. Bertanggung jawab dalam membuat laporan kegiatan kepada Ketua secara berkala baik harian, mingguan, bulanan, triwulan, semester, maupun tahunan baik keuangan maupun akademik.

4. Bagian Buku Digital (Digital Book/E-Book)
a. Bagian E-Book merupakan bagian organik lembaga yang bergerak dalam bidang digitalisasi produk-produk penerbitan dan pemasarannya secara online;
b. Bertanggung jawab mengelola website UIN Maliki Press;
c. Bertanggung jawab dalam perencanaan, pengorganisasian, pelaksanaan, dan evaluasi program-program;
d. Bertanggung jawab dalam membuat program-program pengembangan penerbitan buku berbasis web (e-book);
e. Melakukan koordinasi dengan pimpinan penerbitan dalam pengembangan penerbitan berbasis e-book;
f. Membuat laporan akademik secara berkala;